Serão premiados pelos organizadores do evento os quatro melhores trabalhos dentre os apresentados no 5º GeoPantanal, sendo dois para categoria estudante de nível técnico ou graduação e dois para estudantes de pós-graduação ou profissionais.

O prêmio para cada trabalho será uma quantia em dinheiro e um certificado da organização do evento.

Para a escolha destes trabalhos serão levados em consideração originalidade, a pertinência do tema, o rigor científico, a clareza e a qualidade da apresentação escrita e oral ou painel.